「今後の重点的な調査観測について」（地震調査研究推進本部，２００５）の中で、長期的な地震発生時期及び地震規模の予測精度の向上、地殻活動の現状把握の高度化、強震動の予測精度の向上の３点を目的として、相対的に強い揺れに見舞われる可能性が高いと判断された地域の特定の活断層で発生する地震を対象とした重点的調査観測体制の整備を行うべきとの考えに基づき、調査観測対象候補として６つの断層帯が挙げられています。
また、別府−万年山断層帯（大分平野−由布院断層帯東部）は、「新たな活断層調査について」（地震調査研究推進本部，２００９）において、地震後経過率の最大値が１．０を超えていること（いつ地震が発生してもおかしくない状態にあると考えられる）、断層が通過する市町村の総人口が概ね５０万人を超える等、地震が発生した際の社会的影響が大きい断層として新たに調査観測対象候補に選定した７つの断層帯に含まれ、大学等に委託し重点的な調査観測を実施しています。